Logoen til St. Eystein symboliserer glade barn som står på et godt fundament, nemlig St. Eystein skole. Skolen skal jobbe for å skape trygghet i barnas skolehverdag ved å gi en oversiktelig hverdag hvor det er rom for å blomstre.
Når elevene står trygt er det ingen grenser for hvor langt de kan strekke seg, og hvilke utfordringer de klarer å overvinne. St. Eystein skal bygge det fundamentet.
Logoen viser barn som har forskjellig farge og dette symboliserer vårt flerkulturelle miljø.
Dansene barn er glade barn. Dette gjelder kunnskapsmessing ved at de skal lære ut i fra sine egen forutsetninger, som person skal de få være seg selv og blir respektert for det, og det skal være religionsfrihet ved at det er rom for å dele tanker knyttet til det religiøse.
Logoen ble laget i samarbeid med Bodø Videregående og en elev på tegning, form og farge. Anders Haukland har gjort teknisk tilrettelegging av logoen.